Beliau pernah berkahwin dengan Natasya Gabriel Abdullah bernikah pada 24 Mac 1987 dikurniakan sepasang cahayamata, Mikhail dan Timur,[9] yang berusia 18 dan 16 tahun sebelum bercerai pada 12 Disember 2000.Mikhail disahkan menghidap penyakit autisme selain mengalami penyakit mata.Pada 5 Mei 2010 beliau dikenakan waran tangkap oleh Mahkamah Tinggi Syariah di sini kerana gagal hadir kes tuntutan tunggakan nafkah anak selama 26 bulan berjumlah RM18,900 yang dikemukakan oleh bekas isterinya, Natasya Gabriel Abdullah. [10] Namun pada 23 Jun 2010 bekas isterinya menarik balik tuntutan tunggakan nafkah selepas penyanyi itu melangsaikannya di luar mahkamah pada 16 Jun lalu.[11]

Pada Mei 2018, Zainal Abidin terlibat dalam kemalangan di Lebuhraya Baru Lembah Klang (NKVE), namun tidak mengalami sebarang kecederaan.[12][13]